通常差異基因數(shù)在30-5000均屬于正常范圍，如果某些處理對(duì)樣品基因表達(dá)影響不明顯，則會(huì)出現(xiàn)差異基因數(shù)目偏少的問題，可通過調(diào)整差異基因篩選標(biāo)準(zhǔn)，放寬條件進(jìn)行篩選。通常調(diào)整至FDR≤0.05或FDR≤0.1或FC≥1.5都可在一定程度增加差異基因數(shù)目，且參數(shù)均有文獻(xiàn)支持，不會(huì)影響文章發(fā)表。樣品生物學(xué)重復(fù)相關(guān)性不好也會(huì)影響差異基因的數(shù)目，這種情況下，可剔除相關(guān)性差的樣品，重新進(jìn)行差異分析。