宏基因組將基因組DNA隨機(jī)打斷成若干條小片段，然后在片段兩端加通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增測(cè)序，將得到的reads進(jìn)行組裝后進(jìn)行基因預(yù)測(cè)得到基因序列，眾多基因構(gòu)成環(huán)境中微生物的基因集

微生物多樣性主要針對(duì)核糖體小亞基基因序列進(jìn)行測(cè)序（16s rDNA或者18s rDNA），該基因既存在高度保守的區(qū)域還包括高變區(qū)，通過(guò)特異性引物對(duì)某一段高變區(qū)（如V3區(qū)）或某幾段高變區(qū)（如V3-V4區(qū)）進(jìn)行擴(kuò)增測(cè)序，然后與數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，可特異性識(shí)別細(xì)菌種類?？偟膩?lái)說(shuō)，微生物多樣性主要告訴我們環(huán)境里有什么微生物，而宏基因組主要告訴我們環(huán)境里的微生物能做什么。